竜串海中公園観光に欠かせないのがグラスボート。船底のガラス越しに珊瑚礁や熱帯魚の海を眺めながら、見残し周辺を航行する。乗り場は竜串漁港(竜串観光汽船)と長島桟橋(たつくし海中観光)の2カ所。運行時間は不定期で、約30分間隔で出航している。乗船室部分が海に潜る半潜水型グラスボートも運行。