伊賀流忍者博物館
忍者屋敷・忍術体験館・忍者伝承館からなり、「現在に活用できる忍術を再現する」をコンセプトに忍者の実像を紹介する。手裏剣体験もできる本物の忍者ショーも好評です。（別料金要）
だんじり会館
上野天神祭のだんじり3基と鬼行列を展示。300インチ3面マルチスクリーン。館内には伊賀上野の物産を集めた「地場産買物処」や観光インフォメーションセンターがある。
木の館豊寿庵
日本最大クラスの原木など全国から集めた木材に関する資料を展示。また、10，000坪の大庭園では、季節により様々な花々が咲き誇ります。
伊賀越資料館
「伊賀越仇討」の鍵屋ノ辻にあり、又五郎、数馬方の武具などの遺品や、決闘のもようを記した古文書を展示。
伊賀信楽古陶館
2階では古伊賀，古信楽の逸品を展示（入館有料）、1階は現代伊賀焼作家の陶芸作品即売を行っている。
芭蕉翁記念館
芭蕉に関する真蹟・連歌俳諧資料を展示。
上野歴史民俗資料館
昭和30年代初めの上野市の民家を復元。また市内出土の考古資料を展示。市民の方々から寄贈していただいた民俗資料も企画展として展示。臨時に特別展示会が催される。
夏見廃寺展示館
復元金堂，尊博仏
